根据教育部公布的高等学校名单，截止到2020年6月，南京市共有35所本科院校，其中公办院校27所，部属院校8所。最好的大学当属南京大学、东南大学；比较好的大学有南京航空航天大学、南京理工大学、河海大学、南京农业大学、南京邮电大学、南京工业大学、南京师范大学等。
一：最好的2所一流大学
1、南京大学：是211大学、985大学、C9高校，一流大学建设高校，教育部直属高校，在国内大学排行榜上，排第5或第6名，是江苏省最好的大学之一。经过百余年的发展，南京大学成为国内知名、在国际上有一定影响力的综合性大学。在教育部组织的第四轮学科评估中，有天文学、地质学、法学、电子科学与技术、化学、数学等，共21个学科进入A档。
二、比较好的几所一流学科建设高校
1、南京航空航天大学：是211大学，一流学科建设高校，工业与信息化部直属高校。是具有航空航天民航特色的研究型大学，在国内大学排行榜上排50名左右。
2、南京理工大学：是211大学，一流学科建设高校，工业与信息化部直属高校，其兵器与装备、电子与信息、化工与材料三大优势学科群特色鲜明，在国内大学排行榜上排40-45名之间。
3、河海大学：是211大学，一流学科建设高校，教育部直属高校。以水利为特色，工科为主；水利工程、环境科学与工程是一流建设学科，工程学、环境/生态学、计算机科学、材料科学、地球科学等也是其优势学科。在国内大学排行榜上排40名左右。
4、南京农业大学：是211大学，一流学科建设高校，教育部直属高校。以农业教育为特色，多学科协调发展；在第四轮全国一级学科评估中，作物学、农业资源与环境、植物保护、农林经济管理4个学科获评A+，公共管理、食品科学与工程、园艺学3个学科获评A档。在国内大学排行榜上排35-40之间。
5、南京师范大学：是211大学，一流学科建设高校，江苏省主管，江苏省与教育部共建。以师范教育为特色，教育学、中国语言文学、外国语言文学、地理学、美术学等学科在第四轮学科评估中进入A档。在国内大学排行榜上排60名左右。
6、中国药科大学：是211大学，一流学科建设高校，教育部直属高校。是以药学、中药学学科为龙头的药学类大学，在全国第四轮学科评估中，药学学科获评A+，2020年药理学与毒理学学科排名跨入全球前1‰，位列全球第34位、国内高校第1位。在国内大学排行榜上排130名左右。
三、其它几所非211高校
南京有几所非211高校，如南京邮电大学、南京信息工程大学、南京中医药大学、南京林业大学，都是一流学科建设高校，一流建设学科分别是电子科学与技术、大气科学、中药学、林业工程，上述高校在各自的行业内，知名度也很高。
另外还有南京工业大学、南京财经大学、南京医科大学、南京审计大学、南京艺术学院、南京体育学院、南京森林警察学院、江苏警官学院，也都是比较好的大学。
四、结束语
南京作为江苏省的省会城市，高校云集，截止到2020年，有35所本科院校，其中公办院校27所，比较好的大学也很多。
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